A Thunderbolttal felszerelt Macek külső Thunderbolt meghajtókról is indíthatók. Ez azt jelenti, hogy teljes Mac OS X, Windows vagy Linux telepítést futtathat Thunderbolt-kapcsolattal rendelkező Machez csatlakoztatott külső meghajtóról, és a Thunderbolt sebessége miatt ez rendkívül gyors lenne. Milyen gyorsan? Elméletileg a külső Thunderbolt-meghajtón futó Mac OS X-nek ugyanolyan gyorsnak kell lennie, mint a belső meghajtóról történő rendszerindításnak, de egy külső SSD használata valójában gyorsabb lenne, mint egy belső forgó merevlemez.

Ez megnyitja az ajtót további OS X kettős indítási lehetőségek, több operációs rendszer rendszerindítás és általános ultragyors bővítés előtt is olyan hardvereken, amelyek egyébként korlátozottak a belső bővítési lehetőségekkel. Jelenleg a Thunderbolt a MacBook Pro és az iMac operációs rendszeren jelenik meg, de várhatóan még nagyobb teret nyer a MacBook Air, a Mac Mini és a Mac Pro közelgő hardverfrissítései.

A rendszerindítást az Anandtech megerősítette, és ellenőrizte, hogy a külső Thunderbolt meghajtók indíthatók-e, amikor a fent bemutatott hatalmas Pegasus 12 TB-os RAID-beállítást vizsgálta, amely MacBook Prohoz van csatlakoztatva.

Ezt a MacRumors-on keresztül találták meg, és azt is megemlítik, hogy a Thunderbolt támogatja a Target Disk Mode-ot, amely opció egyébként Firewire-rel felszerelt Mac-ekre korlátozódott.

Frissítés: A Thunderbolt vs FireWire és USB 2.0 sebességét mutatja a MacWorld legújabb benchmark diagramja, amely egy külső Thunderbolt meghajtót mutat be hihetetlen sebesség:

Ezek az olvasási és írási sebességek olyan gyorsak, ha nem gyorsabbak, mint sok belső SSD!